Розташований вище від Видубицького монастиря на території Національного ботанічного саду ім. М.Гришка. Свято-Троїцький Іонівський монастир було засновано у 1864 р. ієромонархом Видубицького монастиря отцем Іоною, якого пізніше причислили до лику святих. На початку 20 ст. монастир отця Іони був відомий далеко за межами Києва, серед київських обителей - другим за величиною після Лаври. Наприкінці 19 ст. планувалося спорудити 110-метрову дзвіницю за проектом В.Ніколаєва. Однак до 1917 р. звели лише перший ярус, який пізніше розібрали на цеглу.Збереглась лише невелика башта біля церкви, а в ній старовинний годинник. У 1934 р. монастир ліквідовано. Однак у 1942 р. він відкрився і діяв до 1949 р. Після закриття на його теріторії жили монахи, які працювали в Ботанічному саду. Богослужіння в обителі поновлено у 1991 р.