У минулому будівля музею належало грекам і саме тут в 1814 році була створена таємна революційно-патріотична організація "Філікі Етерія", яка підготувала греків до боротьби за незалежність і назавжди пов'язала історію Одеси з історією національно-державного відродження Греціі.Музей створено Грецьким Фондом Культури у співпраці з Одеським історико-краєзнавчим музеєм, який надав ряд експонатів з історії "ФілікіЕтерія", доповнених точними копіями експонатів із музеїв Греції, особливо з етнологічного та історичного товариств Греції. Музейну експозицію представляють 3 тематичних розділи: перший розкриває діяльність грецької колонії в Одесі в дореволюційний період, другий та третій - історію створення, адміністративний, економічний устрій і діяльність "ФілікіЕтерія" та її членів до і під час грецької революції.