Музей заснував у лютому 1905 року греко-католицький митрополит Андрей Шептицький як приватну фундацію під назвою «Церковний музей» для розвитку української культури. Основу фондів склала особиста колекція засновника, який подарував близько 10000 предметів і утримував музей на особисті кошти. На сьогодні фонди музею налічують понад 100000 одиниць збереження, репрезентуючи вікові традиції розвитку українського мистецтва та національної культури. Предметом особливої гордості є найбільша й найповніша в Україні колекція середньовічного українського сакрального мистецтва XII—XVIII століть. Це ікони, скульптура, рукописи і стародруки, декоративна різьба, металопластика та гаптовані церковні тканини. Найбільш багатогранно у збірці музею представлена ікона XIV—XVIII століть, здебільшого з теренів Західної України. Вартісні пам'ятки писемної культури зосереджені у збірці рукописів та стародруків, формування якої розпочалося від часу заснування музею. Основу збірки заклали зразки, подаровані митрополитом А. Шептицьким. Розвиток українського мистецтва XIX — початку XX століть репрезентує збірка творів живопису художників Наддніпрянської та Західної України. Гордістю музейної колекції є низка оригінальних творів Тараса Шевченка. На окрему увагу заслуговують зібрання творів народного мистецтва. Це вироби з кераміки, кості, металу, тканини, вишивка, різьба по дереву, народний одяг, писанки, витинанки, малювання на склі.