Це один з прадавніх монастирів в Києві, заснований в 12 ст. У 1240 р. монастир був знищений монголо-татарами, але храм зберігся. І в кінці 13, початку 14 століть тут відроджується богослужіння і чернече життя. Монастир стає однією з головних київських святинь і другим місцем в Києві по паломництву після Києво-Печерської лаври. Впродовж 15-19 ст. монастир добудовується. За часів радянської влади монастир був закритий, ченці виселені. Його перетворили на студентське містечко. Але в храмі ще деякий час дозволяли здійснювати богослужіння. В 1929 р. храм закрили, перетворивши на архівне сховище. У 1935 році храм стали знищувати (Ленінградська Академія Мистецтв зняла фрески із стін церкви і іконостас і відвезла до Росії), а 14 серпня 1937 р. собор і дзвіниця були підірвані. Зі всіх споруд уціліла лише маленька Трапезна церква і чернечі келії. З 1997 по 2001 р. почалося відновлення Михайлівського собору і інших споруд.