Згідно з літописними повідомленнями, кам'яна церква Богородиці, названа "Пирогоща", була закладена князем Мстиславом Володимировичем в 1131 р. Незвичайна назва храму походить від константинопольської ікони "Пірготісси", привезеної на Русь у 1155 р. і стала намісні ікони церкви Богородиці. "Пірготісса" означає "баштова". У Візантії існував звичай встановлювати подібні зображення на фортечних вежах в якості апотропеев (оберегів). Після монгольської навали Богородиці Пирогощі не згадується. Ймовірно, сама наместна ікона була втрачена. У первинному вигляді церква являла собою хрестово-купольний храм. Протягом століть була центром суспільного життя, головною соборною церквою подільських купців, міщан і ремісників. Середньовічна споруда перероблялася кілька разів. У 1935 р. зруйнована. У 1995 р. розпочато роботи з відновлення церкви на древньому фундаменті за проектами, розробленими ще за часів Київської Русі. У 1998 р. відкрита для прихожан.