Побудована на кошти полкового писаря Якова Почека. Освячена 13 березня 1788 року. Пройде трохи більше півстоліття – і храм виявиться замалим для віруючих. Постала потреба в побудові церкви. Цього разу за справу взялася родина ніжинських священиків Кушакевичів. Саме з цього роду походить Андрій Кушакевич, на кошти якого в Ніжині були засновані жіноча гімназія та чоловіче ремісниче училище. Розповідають, що батько Андрія Кушакевича Федір Федорович служив священиком в цій церкві. На пожертву сина 1863 року до храму добудували теплу церкву і високу дзвіницю. При храмі діяли шпиталь та одна з найбільших церковноприходських шкіл міста. Лише в 1905 році в ній навчалося 97 хлопчиків і 12 дівчат. На церковному цвинтарі покояться священики: Ф.Ф. Кушакевич (1812–1869 рр.) та Є.О. Кушакевич (1839–1896 рр.), вдова священика А.В. Кушакевича (1817–1899 рр.) тощо. Доля була милостивою до Василівської церкви. Переживши страшні часи 1930-х та 1960-х років, вона довгий час залишалася єдиною діючою церквою в Ніжині, хоча позбулася дзвонів. Церква діюча.